本发明提供一种基于簇图结构的并行基因拼接算法。本发明以多个其他基因拼接算法的拼接得到的长序列（scaffold）和双端测序仪生成的短读长基因序列（read-pair）为输入，通过构建索引、映射read-pair、scaffold聚簇、构建簇图、搜索路径等步骤将具有互补的scaffold拼接成更长的序列。构建索引和读长映射两个步骤旨在通过读长找到不同算法获得的长序列scaffold之间的相关性和匹配度，然后通过相关性和匹配度进行聚簇，簇内的所有scaffold具有互补性，是潜在的可拼接的序列。最后构建簇图，求解图的全局最长路径，得到拼接的长基因序列。